Trả lời công văn số 1697/CT-KK&KTT ngày 16/6/2017 của Cục Thuế tỉnh Hà Nam về việc xử lý nghĩa vụ thuế của Chi nhánh khi chấm dứt hoạt động, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau :

- Theo quy định tại Luật Doanh nghiệp số 68/2014/QH13:

+ Khoản 1 Điều 45: “1. Chi nhánh là đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp, có nhiệm vụ thực hiện toàn bộ hoặc một phần chức năng của doanh nghiệp kể cả chức năng đại diện theo ủy quyền. Ngành, nghề kinh doanh của chi nhánh phải đúng với ngành, nghề kinh doanh của doanh nghiệp.”

+ Khoản 1 và Khoản 4 Điều 206:

“1. Chi nhánh, văn phòng đại diện của doanh nghiệp được chấm dứt hoạt động theo quyết định của chính doanh nghiệp đó hoặc theo quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện của cơ quan nhà nước có thẩm quyền. ...

4. Doanh nghiệp có chi nhánh đã chấm dứt hoạt động chịu trách nhiệm thực hiện các hợp đồng, thanh toán các khoản nợ, gồm cả nợ thuế của chi nhánh và tiếp tục sử dụng lao động hoặc giải quyết đủ quyền lợi hợp pháp cho người lao động đã làm việc tại chi nhánh theo quy định của pháp luật. ...”.

- Theo quy định tại Luật số 31/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT):

+ Khoản 6 Điều 1:

“Điều 12. Khấu trừ thuế GTGT đầu vào:

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau: a) Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT bị tổn thất. ...”.

+ Khoản 7 Điều 1:

“Điều 13. Các trường hợp hoàn thuế:

... 5. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế GTGT khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế GTGT nộp thừa hoặc số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết. ...”.

- Theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 44 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế: Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ: “1. Người nộp thuế có quyền đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp xác nhận việc hoàn thành nghĩa vụ thuế của từng loại thuế hoặc của tất cả các loại thuế (trừ các loại thuế ở khâu xuất nhập khẩu); hoặc đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp xác nhận số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn phải nộp đến thời điểm đề nghị xác nhận. ...”.

- Theo hướng dẫn tại Khoản 6 Điều 12 Thông tư số 156/2013/TT-BTC (nêu trên) được sửa đổi, bổ sung tại Điều 16 Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01/10/2014 của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Nghị định quy định về thuế liên quan đến thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN):

“6. Trường hợp doanh nghiệp có cơ sở sản xuất (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) hạch toán phụ thuộc hoạt động tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với địa bàn nơi đơn vị đóng trụ sở chính thì khi nộp thuế TNDN, doanh nghiệp tại nơi đóng trụ sở chính có trách nhiệm nộp cả phần phát sinh tại nơi đóng trụ sở chính và ở nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc.

a) Thủ tục luân chuyển chứng từ giữa Kho bạc và cơ quan Thuế Doanh nghiệp tự xác định số thuế TNDN được tính nộp tại nơi có trụ sở chính và các cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc theo quy định của pháp luật về thuế TNDN để lập chứng từ nộp thuế TNDN cho địa phương nơi có trụ sở chính và từng địa phương nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc. Trên chứng từ nộp thuế phải ghi rõ nộp vào tài khoản thu ngân sách nhà nước tại Kho bạc Nhà nước đồng cấp với cơ quan thuế nơi trụ sở chính đăng ký kê khai thuế và địa phương nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc. Kho bạc Nhà nước nơi đóng trụ sở chính chuyển tiền và chứng từ thu ngân sách nhà nước cho Kho bạc Nhà nước liên quan để hạch toán thu ngân sách nhà nước phần thuế của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc…”.

Căn cứ các quy định trên, trường hợp Chi nhánh Hà Nam - Công ty cổ phần xi măng Đỉnh Cao (MST: 2901121028-006, trụ sở tại tỉnh Hà Nam, sau đây gọi là Chi nhánh) là đơn vị phụ thuộc Công ty cổ phần xi măng Đỉnh Cao (MST: 2901121028, trụ sở chính tại tỉnh Nghệ An, sau đây gọi là Công ty), khi Chi nhánh chấm dứt hoạt động thì:

- Về thuế GTGT: số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết của Chi nhánh tính đến thời điểm Chi nhánh chấm dứt hoạt động là số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của Công ty. Công ty đã có văn bản đề nghị Cục Thuế tỉnh Hà Nam chuyển số thuế còn được khấu trừ của Chi nhánh về cho Công ty để tiếp tục theo dõi khấu trừ thì Cục Thuế tỉnh Hà Nam thực hiện xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế của Chi nhánh, trong đó bao gồm cả số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết tính đến thời điểm chấm dứt hoạt động để Công ty làm cơ sở tiếp tục kê khai khấu trừ vào hồ sơ khai thuế GTGT của Công ty tại Cục Thuế tỉnh Nghệ An.

- Về thuế TNDN: Trường hợp Chi nhánh là cơ sở sản xuất (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) thì Công ty thực hiện kê khai quyết toán thuế TNDN với Cục Thuế tỉnh Nghệ An nếu phát sinh số thuế TNDN phải nộp thì Công ty có trách nhiệm phân bổ số thuế phải nộp tương ứng phần phát sinh tại Chi nhánh để nộp phân bổ cho Cục Thuế tỉnh Hà Nam theo quy định.